Le séquençage de l'exome entier (WES) est un test utilisé pour déterminer l'ordre de la séquence d'ADN d'un individu et détecter des anomalies génétiques.
Qu'est-ce que le séquençage de l'exome entier (WES) ?
Le séquençage de l'exome entier (WES) est une technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) largement utilisée dans le monde et dans notre pays, consistant à séquencer les « régions codantes pour les protéines » du génome. Le séquençage de l'exome couvre tous les segments d'ADN utilisés pour la production de protéines chez l'humain. Bien que l'« exome humain » représente moins de 2 % du génome total, ce test couvre environ 85 % des variantes associées aux maladies connues chez l'homme.
Le « séquençage de l'exome » est réalisé pour détecter les variantes présentes dans les exons. C'est une technique permettant de déterminer l'ordre de la séquence d'ADN dans le code génétique d'un individu afin d'identifier des troubles génétiques.
Comment diagnostiquons-nous une maladie génétique ? Quand recommandons-nous le séquençage de l'exome ?
De nombreuses méthodes sont utilisées pour diagnostiquer les maladies génétiques.
- Tout d'abord, les antécédents familiaux détaillés et l'histoire médicale personnelle du patient sont rigoureusement documentés.
- L'analyse de la distribution de la maladie dans l'arbre généalogique est une étape cruciale du diagnostic.
- Ensuite, un examen systémique et une évaluation des traits dysmorphiques sont effectués.
- Tous les tests précédemment effectués dans d'autres cliniques sont examinés.
Après ces évaluations, lorsqu'un « diagnostic préliminaire » est envisagé, des tests génétiques sont planifiés pour le diagnostic différentiel.
À ce stade, si la maladie suspectée est :
S'il s'agit d'une « maladie monogénique », les méthodes moléculaires deviennent prioritaires. Si le diagnostic est clairement établi par l'examen et qu'un seul gène est connu pour causer la maladie, une étude est planifiée pour ce gène. La méthode est choisie en fonction du type de mutation le plus fréquemment observé pour la maladie suspectée. Parfois, une méthode appelée MLPA est nécessaire pour rechercher prioritairement les gains et les pertes. Les décisions sont prises après recherche des données spécifiques à la maladie.
Dans les cas suivants, l'étude d'un seul gène ne suffit pas :
- Parfois, le diagnostic n'est pas aisé. Les signes cliniques peuvent être très discrets.
- Les résultats ne sont pas spécifiques à une maladie précise et peuvent être observés dans une grande variété de pathologies.
- Parfois, la maladie est évidente, mais de nombreux gènes peuvent en être la cause (situations où le type ne peut être distingué par l'examen).
- Le patient présente une maladie claire, mais possède également un ou plusieurs symptômes additionnels qui ne peuvent y être associés. En d'autres termes, il peut y avoir plusieurs maladies présentes.
Dans ces cas, le diagnostic par l'étude d'un seul gène est très difficile. Particulièrement pour les « maladies polygéniques », l'analyse gène par gène est beaucoup plus coûteuse et chronophage que les tests à grande échelle comme le séquençage de l'exome.
Dans ces situations, la méthode SÉQUENÇAGE DE L'EXOME ENTIER – WES, qui séquence les régions codantes de l'ensemble des 20 000 gènes, est privilégiée.
Quels sont les avantages de la méthode WES ?
Si le patient présente plusieurs maladies ou une condition supplémentaire affectant la sévérité, elle permet de diagnostiquer l'ensemble avec un seul test.
Si le terme « atypique » est fréquent dans le dossier, il y a souvent une raison génétique. Il peut s'agir de mutations dans des gènes dits « modificateurs » ou de la coexistence de plusieurs maladies par une mutation supplémentaire dans un gène différent. Le WES permet un diagnostic complet de ces possibilités.
Dans notre pays où la consanguinité est fréquente, la coexistence de plusieurs maladies n'est pas rare. Le WES aide à identifier les gènes porteurs chez les couples et à planifier le dépistage pour les futures grossesses.
Si les symptômes ne sont pas spécifiques, le séquençage de l'exome offre la chance de diagnostiquer en analysant l'ensemble des gènes.
Que permet le séquençage de l'exome entier (WES) ?
Le WES est le processus de détermination de toutes les régions codantes de l'ADN (exons). Les avantages sont :
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Diagnostic des maladies génétiques :
Outil efficace pour identifier les causes des maladies rares. -
Identification des facteurs de risque :
Évalue la probabilité de maladies génétiques et s'avère précieux pour le dépistage pré-conceptionnel. -
Prédiction de la réponse aux médicaments :
Permet le développement de la médecine personnalisée (pharmacogénomique). -
Recherche sur le cancer :
Analyse des modifications génétiques pour personnaliser les stratégies de traitement. -
Recherche et découvertes génétiques :
Découverte de nouveaux gènes et compréhension des mécanismes génétiques.
Comment se déroule le WES ? Comment fonctionne le processus ?
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Préparation de l'échantillon d'ADN :
- Extraction de l'ADN à partir du sang, de la salive ou de tissus.
- Obtention du matériel génétique en laboratoire.
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Enrichissement de l'exome (Capture) :
- Isolement des exons par des sondes spécifiques.
- Permet un séquençage intensif des régions exoniques.
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Séquençage :
- Lecture via des technologies à haut débit.
- Détermination et enregistrement des paires de bases.
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Analyse des données :
- Identification bioinformatique des variantes, mutations, insertions et délétions.
- Comparaison avec le génome de référence.
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Interprétation et rapport :
- Évaluation clinique de la pertinence des variantes.
- Interprétation par des experts cliniques.
Évaluation des données de séquençage de l'exome
L'évaluation est effectuée selon les critères de l'ACMG et les données cliniques. Environ 8 000 gènes sont actuellement associés à des maladies. Les résultats prennent généralement 1 à 2 mois.
ANALYSE : L'expérience est vitale. Nous combinons nos propres logiciels à l'expertise clinique pour des taux de diagnostic supérieurs à la moyenne mondiale.
EN RÉSUMÉ ;
- La technique permet de déterminer les variantes dans n'importe quel gène codant.
- L'objectif est d'examiner environ 20 000 gènes à la fois, à moindre coût et dans un délai réduit.
Exome Prénatal
Nécessite une plus grande expérience pour détecter les maladies fœtales. Un conseil génétique est obligatoire pour chaque rapport.
Exome en Trio
L'étude mère-père-enfant augmente le succès diagnostique et réduit les délais, particulièrement en prénatal.